Cesty v Brain Train sú plné bezprávia a chaosu. Autá blokujú železničné trate a vy ich musíte uvoľniť, aby vlak mohol prejsť. Mechanizmus zúčtovania je určený pravidlom - tri za sebou. K existujúcej doprave musíte pridať ďalšie autá, aby boli tri rovnaké za sebou. Zmiznú a vlak pôjde ďalej.