Po prírodnej apokalypse sa rieky vyliali z brehov a ulice v mestách sa zmenili na kanály. Prišla úplná anarchia, úrady sú paralyzované, každý musí prežiť, ako najlepšie vie. Hrdinovi hry Hydro Storm 2 nie je cudzí boj o život. Už získal rýchly vodný skúter a je pripravený vykonávať akékoľvek misie.