Supernova: Protokol „Charon“ je vertikálna strieľačka s bojmi proti vlajkovým lodiam
Loď strieľa sama, takže sa takmer vždy vyhnete nepriateľským guľkám. Trasa vedie z obežnej dráhy Zeme k trhline v prázdnote a prechádza cez 11 sektorov. Každý sektor má svoju vlastnú oblohu, svoje vlastné prekážky a svoje vlny nepriateľov. Ak po Star Wing chcete strieľačku s kampaňou a hangárom medzi letmi, tu nájdete oboje.
Vlajková loď na konci sektora
Každý sektor končí bitkou s vlajkovou loďou a táto bitka má niekoľko fáz. Vežičky vlajkových lodí je možné zostreliť po jednej a s každou zostrelenou vežou sa požiar zmenšuje. Jednu chybu v tejto bitke hra odpustí, druhú už nie.
Deväť sudov a hangár
V hre je deväť druhov zbraní: Pulzné, Spread, Laser, Missiles, Plasma, Arc, Wave, Bumerang a Railgun. Ktorýkoľvek z nich je posilnený priamo v boji. Za bitky dostávate kredity a medzi letmi ich míňate v hangári. K dispozícii je 6 trupov, drony, pumovnica, sprievodný let a 6 skinov. Za zručnosti v boji hra udeľuje medaily a rozkazy, celkovo 20.
Hustá paľba nepriateľov je známa z Neon Space Shooter, no tu sú proti nej dva nástroje. Focus zníži rýchlosť na polovicu a zobrazí oblasť, kam zasiahli guľky. Bomba vyčistí obrazovku od nepriateľských projektilov. Kampaň je možné dokončiť na jednej z troch úrovní obtiažnosti alebo s dvoma hráčmi na rovnakej klávesnici.