Armáda mimozemšťanov smeruje k ľudskej kolónii a chce ju ovládnuť. V Colony Defender ovládate obranu kolónie. Pozorne skontrolujte okolie osady. Je potrebné stavať obranné veže a inštalovať rôzne zbrane na strategické miesta. Akonáhle sa objaví nepriateľ, veže a delá spustia paľbu, aby zabili. Presnými strelami ničia vašich protivníkov a prinášajú vám body v Colony Defender. S týmito bodmi môžete stavať nové obranné štruktúry alebo vylepšovať existujúce.