V Pokémon Battle Labyrinth prevediete svojho Pokémona cez špeciálne vybudovaný labyrint, kde si môže zdokonaliť svoje bojové schopnosti. Pod vaším vedením sa bude Pokémon pohybovať bludiskom, prekonávať rôzne prekážky a pasce a zbierať rôzne užitočné predmety. Po stretnutí s protivníkmi budete musieť použiť bojové schopnosti hrdinu, aby ste ho zničili v boji. Hneď ako nepriateľ zomrie, získate body v hre Pokemon Battle Labyrinth.