Tlačidlá sú bežnou metódou ovládania v hrách a v Button Puzzle sú tými hlavnými. Na každej úrovni sa ich zostava zmení v spodnej časti obrazovky a je to minimálne potrebné. Kliknutím posuniete postavu tak, aby zbierala modré kamene a potom sa objavia dvere na výstup z úrovne.