Rybička menom Thomas sa dnes vybrala na výlet. Vy v hre Flappy Fish pomôžete svojej postave dostať sa do cieľa jej cesty. Pred vami na obrazovke budú viditeľné vaše ryby plávajúce vpred pod vodou. Aby ste ho udržali v určitej hĺbke alebo aby sa vznášal bližšie k povrchu, stačí kliknúť myšou na obrazovku. Na ceste vašich rýb budú prekážky a pasce. Budete sa musieť postarať o to, aby sa vaša ryba nedostala do problémov a neprekonala všetky nebezpečenstvá.